Шүүхийн шинжилгээний байгууллагад хийж буй хүний биед гэмтлийн зэрэг тогтоох шинжилгээ, цогцост хийх шинжилгээ төлбөртэй байдаг. Төлбөрийг Монгол улсын ХЗДХ-ийн болон Сангийн сайдын 2008.07.07-ны өдрийн 170/271 тоот тушаалаар батлагдсан Шүүх эмнэлгийн төлбөрт үйлчилгээний журмын дагуу хураан авч Төрийн сангийн дансанд төвлөрүүлдэг.
Төлбөрийн орлого ШШҮХ-д шаардлагатай техник хэрэгсэл, урвалж бодис худалдан авахад зарцуулагддаггүй, төлбөрөөс болж иргэдэд чирэгдэл учирдаг, шүүхийн шинжилгээний байгууллага иргэдийн хооронд үл ойлголцол бий болгож, тэр хэмжээгээр хуулийн байгууллагуудын нэр хүндийг унагаадаг асуудал юм. Үүнээс гадна шинжилгээ хийж дүгнэлт гаргахын зэрэгцээ төлбөр хураах ажил давхар оногддог, ялангуяа орон нутгийн Шүүхийн шинжилгээний албадын шинжээч эмч нарт давхар ачаалал болдог байна. Иймд төлбөрт үйлчилгээний журмыг хүчингүй болгуулахаар ШШҮХ-ийн захирлын тушаалаар ажлын хэсэг гаргасан байна.